纯福音东京教会的诞生，可以追溯到已故崔子实牧师从美国神召会教团东洋宣教部长Kyatchamu宣教士那里收到往返东京的机票的时候。机票原本是为了让崔子实牧师修养，是作为礼物送给她的。然而，崔子实牧师在日本停留的四十天里引导布道会，点燃了日本宣教的火焰。在神的引导下，她的热情继承给她好友的女儿-已故姜恩淑劝士。随后，当汝矣岛纯福音教会堂会长赵镛基牧师第一次在日本举行复兴会时，三代信徒聚集在姜劝士家里献上了家庭聚会。

后来，在东京麻布俄罗斯大使馆旁边的一间小屋进行聚会，至1979年12月在东京四谷建堂。纯福音东京教会正式开始宣教事工是从家庭聚会开始的，当时信徒有一百多人。从1980年7月6日开始，堂会长赵镛基牧师在近畿电视台以“幸福的招待”为题目讲道，并通过日本电视台进行播放。从此，“拯救日本一千万灵魂”的步伐开始加快。不过，1982年12月之后两年多的时间里，纯福音东京教会面临了“没有主任牧师”的试练。但是堂会长赵镛基牧师对日本宣教的热情越发火热，在日本武道馆举行大型布道会，两天中聚集了六千多人，从此之后一直没有停止过在日本的宣教事工。

1985年2月汝矣岛纯福音教会为纯福音东京教会差遣了一名主任牧师，同年5月5日圣殿从四谷迁到新大久保，之后教会顺利成长。但在1990年10月又面临了巨大的试练，教会在两个多月中无法找到礼拜的场地，在如此艰难的情况下圣徒们并没有气馁，在公园、日本语学校等地方辗转献礼拜，齐心协力同心祷告。最终神看到了信徒们的流泪祷告，于1990年12月7日在中野赐予一间新堂，让教会重新出发。

之后教会继续成长，到1993年信徒人数达到七八百人，并于1994年5月在新宿PAIN大楼建立新堂，并且有了很大发展。2002年3月，教会购买了位于新宿歌舞伎町的圣殿，一直到现在。
这是神看到了堂会长赵镛基牧师二十五年来的心血和付出，和纯福音东京教会所有信徒、同工们的祷告与委身，作为礼物预备了一切。2002年12月17日，纯福音东京教会邀请堂会长赵镛基牧师举行了“纯福音东京教会新堂献堂礼拜”。2003年教会取得了宗教法人资格，实现了进一步飞越，为拯救日本一千万灵魂奔跑至今。

纯福音东京教会在圣灵的引导下，今天仍然继续着宣教的使命。至今为止纯福音东京教会经历了诸多苦难，但每次都以堂会长赵镛基牧师，历代主任牧师以及传道士们的话语和祷告，信徒们的流泪祷告与委身克服了这些困难。坚信这样忠实虔诚的信仰精神会传承给下一代年轻人，神通过纯福音东京教会必定成就神所喜悦的日本宣教。

2000年代

1990年代

1980-1970年代